怎樣選擇在線保護柱，又不影響分離分析？這是色譜工作者經常提出的一個問題。通常，在選擇保護柱之前首先要考慮的是樣品是否清潔。對于大部分分析工作者來說，一只1cm長的保護柱便能提供充分的保護作用。但是，如果樣品非常不清潔，或工作中發現要經常更換1cm的保護柱，那么就應選擇2cm或3cm長的保護柱。保護柱越長，自然所裝填的色譜填料越多，則其越能避免污染物進入分析色譜柱的機會。當然，隨著保護柱的長度加長，樣品的保留時間會比使用短保護柱長。一般來說，保護柱的內徑與分析色譜柱的內徑相同或相當即可。

　　在線保護柱的使用與維護：

　　a.保護柱的使用

　　一個新的保護柱芯是沒有方向的，但是從初次使用時開始保護柱芯，就賦予了方向，因為固體顆粒物質和強保留物質總是從入口端到達保護柱，并在這一端開始累積。所以柱芯在開始使用后應確認好方向。

　　當發現分析過程出現柱壓太高、柱效下降或分離度下降等影響分離的因素的時候，需要對保護柱進行維護，如在維護之后還是沒有得到改善則應考慮更換色譜柱。

　　b.保護柱的維護方法

　　先在柱套上做好標記，確認保護柱芯的正反方向；取下保護柱，在不打開卡套的前提下將保護柱反接（注意此時不能接色譜柱），用甲醇：水=20：80以3ml/min流速沖洗10min，然后再用純甲醇以3ml/min流速沖洗10min；然后，在沖完以后將保護柱正接，打開泵除去保護柱和連接管內的空氣，再連接好色譜柱，像往常一樣使用。